
Prawie cały obszar
Słowackiego Raja pokrywają lasy - zajmują one 90 % całkowitego obszaru. Górną warstwę tworzy przede wszystkim świerk pospolity, jodła biała, modrzew, lub rzadziej występujący cis pospolity. Sosna zwyczajna rośnie na skałach wapiennych. Lasy liściaste występują na południowych obszarach Słowackiego Raju, gdzie przeważa buk zwyczajny, grab pospolity, klon jawor, jesion wyniosły i rzadziej dąb. Pierwotny skład lasów Słowackiego Raju w wielu miejscach uległ znacznym zmianom, buk i jodłę zastąpił świerk.
Na dnie dolin i wąwozów rosną górskie gatunki roślin, np.
zarzyczka górska. Południowe skały wapienne porastają gatunki ciepłolubne, jak np. pszonak Wittmanna albo sasanka słowacka. Oprócz tego występują tu również
szafran Heuffela, śnieżyczka przebiśnieg, pierwiosnek wyniosły, urdzik górski, różne gatunki dzwonków, storczyk plamisty, miesiącznica trwała, bodziszek łąkowy, jastrun właściwy, macierzanka zwyczajna, szarotka alpejska, przetacznik ożankowy i wiele innych. W wilgotnym środowisku dominuje knieć błotna oraz gatunki wodolubne.

- 900 gatunków roślin wyższych
- 120 gatunków mchów
- 300 gatunków grzybów
- 80 gatunków porostów
- 16 endemitów zachodnio-karpackich