
Fast der gesamte Bereich des
Slowakischen Paradieses ist von Wäldern bedeckt. Diese nehmen 90 % der gesamten Fläche ein. Die obere Deckschicht bilden insbesondere die Gemeine Fichte, Weißtanne und Europäische Lärche, in geringerem Maß auch Europäische Eibe. Die Waldkiefer kommt auf Kalksteinfelsen vor. Laubwälder wachsen in den südlichen Bereichen des Slowakischen Paradieses, wo Rotbuche, Weißbuche, Bergahorn, Gemeine Esche und selten auch Eiche vorherrschen. Die ursprüngliche Zusammensetzung der Wälder des Slowakischen Paradieses ist bereits an vielen Stellen verändert, Buchen und Tannen wurden durch Fichten ersetzt.
Am Boden der Täler und Niederungen wachsen verschiedene Arten von Gebirgspflanzen, z.B.
Heilglöckchen. Die südlichen Kalkfelsen sind die Heimat vieler wärmeliebenden Arten, z.B. Schotendotter und Slawische Küchenschelle. Weitere vorkommende Arten sind
Heuffel-Safran, Schneeglöckchen, Hohe Schlüsselblume, Berg-Troddelblume, verschiedene Arten von Glockenblumen, Geflecktes Knabenkraut, Silberblatt, Wiesenstorchschnabel, Margerite, Feldthymian, Edelweiß, Gamander-Ehrenpreis und viele andere. In feuchter Umgebung dominieren Sumpfdotterblume und feuchtigkeitsliebende Arten.

- 900 Arten von höheren Pflanzen
- 120 Arten von Moosbewuchs
- 300 Arten von Pilzen
- 80 Arten von Flechten
- 16 westkarpatische Endemiten