
Téměř celou oblast
Slovenského ráje pokrývajú lesy - zabírají cca 90% celkové plochy tohoto území. Horní kryt vytváří smrk, jedle bílá, smrkovec a méně už tis. Borovice lesní se vyskytuje na vápencových útvarech. Listnaté lesy jsou v jižních oblastech Slovenského ráje, kde převládá buk lesní, hrab obyčejný, javor horský, jasan štíhlý a zřídkavě i dub. Původní složení lesů ve Slovenském ráji je už na mnohých místech pozměněné. Buk a jedli postupně nahradil smrk.
Na dnech údolí a roklin se nacházejí horské druhy rostlin, jako např.
kruhatka Matthiolova. Jižní vápencové skály jsou domovem teplomilných druhů, jako např. je hořčičník Wittmanův anebo koniklec slovenský. Dalšími vyskytujícími se druhy jsou např.
šafrán Heuffelův, sněženka, petrklíč, soldanelka horská, vstavač skvrnitý, měsíčnice trvalka, pakost luční, mateřídouška, plesnivec alpský, veronika obyčejná a různé druhy zvonečků. Ve vlhkém prostředí dominuje blatoch bahenní a mokrořadé druhy.

- 900 druhů vyšších rostlin
- 120 druhů mechorostů
- 300 druhů hub
- 80 druhů lišejníků
- 16 druhů zakarpatských endemitů