Słowacki Raj to obszar, na którym występuje wiele gatunków organizmów żywych. Żyją tu bezkręgowce, motyle, chrabąszcze, mięczaki, ptaki. Wiele gatunków jest pod ochroną, jak np. motyl niepylak apollo. Z ponad 200 gatunków kręgowców,
130 gatunków to gatunki chronione. Trzy gatunki - norka, bóbr europejski oraz żubr nizinny- już w przeszłości prawie wyginęły na terytorium Słowackiego Raju.
Z uwagi na to, że
Słowacki Raj był dość niedostępny, a istniały w nim odpowiednie warunki, obszar ten był schronieniem drapieżnych ptaków. Świadczą o tym nazwy miejsc, utworzone od występujących tam gatunków ( Wielki i Mały Sokół, słow.- Veľký a Malý Sokol, Sokolia Dolina, Drapieżniki ,słow.- Dravce). Z drapieżnych ptaków nadal mają tu swoje gniazda myszołów oraz pustółka. Rzadziej występują orzeł przedni, orzeł krzykliwy, jastrząb gołębiarz oraz krogulec. W niedostępnych strefach żyje niedźwiedź, wilk europejski, ryś, żbik, a w jaskiniach wiele gatunków nietoperzy. Do gatunków szczególnie zagrożonych wymarciem należą: minóg ukraiński, traszka grzebieniasta, traszka karpacka, orzeł przedni, suseł moręgowany, żołędnica, wydra europejska i inne.

- 100 gatunków ptaków
- 40 gatunków ssaków
- 6 gatunków płazów
- 8 gatunków ziemnowodnych
- 4000 bezkręgowców
- 2162 gatunków motyli