Slovenský raj je území, kde žije mnoho druhů různých živočichů. Žijí tu různí obratlovci, motýli, brouci, měkkýši, ptáci, ... Mnohé druhy jsou chráněné, jako např. motýl Jasoň červenooký. Z více než 200 druhů obratlovců je jich
130 druhů chráněných. 3 druhy - norek evropský, bobr vodní, zubr lesní - už byly kdysi na území Slovenského ráje vyhubeny.
Pro nepřístupnost a vhodné podmínky byl
Slovenský raj útočištěm dravých ptáků. Důkazmi jsou názvy lokalit, které jsou odvozené od vyskytujících se druhů - Velký a Malý Sokol, Sokolí dolina, Dravci. Z dravých ptáků tu dodnes hnízdí myšák horní a sokol-myšař. Vzácnější jsou orel skalní orel křiklavý a jestřáb-krahujec. V nepřístupných částech žijí medvěd, vlk obyčejný, rys ostrovid, kočka divoká a v jeskyních žijí víceré druhy netopýrů. Ke kriticky ohroženým druhům patří mihule potiská, mlok velký, mlok karpatský, orel skalní, sysel obyčejný, plch zahradní, vydra říční, atd.

- 100 druhů ptáků
- 40 druhů savců
- 6 druhů plazů
- 8 druhů obojživelníků
- 4000 druhů obratlovců
- 2162 druhů motýlů